郑州市妇幼保健院儿童保健部由儿童群体保健科、新生儿科、新生儿疾病筛查科、儿科、儿童康复科、中医儿科门诊、儿童生长发育门诊、儿童营养门诊、儿童发育行为门诊、儿童眼保健门诊、儿童口腔保健门诊、高危儿管理门诊和儿童耳鼻喉保健门诊等组成。现有床位146张，专业技术人员162人，其中博士1人、硕士23人，副高职称以上22人。根据不同年龄儿童生理和心理发育特点，提供基本保健服务，包括出生缺陷筛查与管理（包括新生儿疾病筛查）、生长发育监测、喂养与营养指导、早期综合发展、心理行为发育评估与指导、免疫规划、常见疾病防治、健康安全保护、健康教育与健康促进等。做到健康检查、咨询、评价、指导、干预一体化，防治结合，身心并重。建立了医疗、保健、教育相结合的儿童保健服务模式，以满足各种不同层次的儿童保健需求。同时也肩负着全市儿童健康管理技术指导、质量控制、继续教育培训工作及适宜技术的推广等工作。

其中新生儿科为河南省新生儿特色专科、河南省医学重点培育学科、郑州市医学重点学科、为郑州市新生儿危重症转运救护中心， 目前床位70张，配备有先进的高频、常频、无创呼吸机、亚低温治疗仪、脑功能监护仪、床旁X光机、床旁B超机、早产儿氧浓度监测仪、血气分析仪、早产儿培养箱等先进的医疗设备。 

儿童康复科是河南省重点培育专科，2015年引进复旦大学儿科医院杨红团队，建立“复旦大学高危儿早期筛查及儿童康复技术协作基地”，引进国际先进的GMS全身运动质量评估系统。